课程特色
1,学生信一次报班从此以后再也不用东拼西凑反复报名各类..班,
2,系统学生信,一次学到位,包教包会。
3,二个月从零基础开始,精细化讲解 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)
授课老师
华哥:中山大学博士 指导过多篇CNS文章生信分析 参与多项国自然重点、国家重大专项、孔雀计划等项目申报 有多年生信教学经验,学员遍布协和、华西、湘雅、瑞金、中山医等著名医院
学习目标和效果
1,两个月精细化讲解 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)
2,学不会一直学,直到学会才毕业
课程安排
(每周二四六晚上7点00开始 每晚三个多小时)
第一节课:r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习
第二节课:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。
第三节课:芯片数据分析(主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线,以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图,包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 )
第四节课:rnaseq数据分析(包括系统讲解主流的Deseq2、Edger、limma-voom三种差异分析的方法)
第五节课:基因集富集分析 gsva gsea kegg go富集 包括自定义基因集的富集分析以两篇nature子刊文章为例,系统讲解如何进行参数调整得到符合文章趋势的富集结果
第六节课:tcga 数据下载 整理 差异分析 结果画图展示
第七节课:非监督共识聚类算法系统讲解以两篇cell文章为例 通路分组的生存曲线 转录因子富集
第八节课:wgcna算法系统讲解以nature文章为例,系统讲解三种免疫浸润的算法,以及三种算法的具体应用场景和区别以及参数调整技巧
第九节课 :单细胞数据读取以nature文章为例,创建seurat对象 质控 s4对象的数据结构的系统讲解
第十节课:继续以nature文章为例系统阐释降维、聚类等概念,细胞亚群注释三种方法
第十一节课:多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法,同时讲解多线程运算原理和实操。
第十二节课:单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图
第十三节课:以nature文章为例系统auc算法计算通路活性,单细胞差异基因的富集分析 gsea 亚群的gsva auc 转录因子预测
第十四节课:系统讲解拟时间分析 包括monocle2 和monocle3 做3d拟时间
第十五节课:系统讲解scenic算法 转录调控网络分析
第十六节课:系统讲解cellphonedb、cellchat、italk三种主流分析细胞互作的软件
第十七节课:infercnv和以cell文章为例的自定义算法的染色体拷贝数变异
第十八节课:单细胞非负矩阵 cnn降维 非共识聚类 以及单细胞的wgcna
第十九节课:以cell文章为例 系统讲解单细胞的RNA velocity应用
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